Stała ekspozycja Muzeum zaznajamia z wydarzeniami 28 czerwca 1956 r. – z przyczynami buntu i przebiegiem wydarzeń (demonstracją, walkami zbrojnymi, pacyfikacją miasta przez wojsko, wreszcie procesami uczestników). Na wystawie zaprezentowano liczne fotografie, w większości wykonane ukrytymi kamerami przez pracowników Urzędu Bezpieczeństwa, a także fotografie i dokumenty uczestników Poznańskiego Czerwca oraz pamiątki po zabitych.

Siedzibą Muzeum jest dawny Zamek Cesarski, będący świadkiem poznańskiego „czarnego czwartku”, nazywany obecnie Centrum Kultury "Zamek". Monumentalny gmach dawnej rezydencji cesarza Niemiec projektu prof. Franza Schwechtena z Berlina został oddany do użytku w 1910 roku. Cesarz Wilhelm II gościł tu dwukrotnie: po raz pierwszy w 1910 r. na otwarciu rezydencji, po raz drugi w 1913r.

Muzeum jest oddziałem Wielkopolskiego Muzeum Niepodległości.